Il logo dell’ISSRE rappresenta una “E” maiuscola formata, nella componente verticale e in quella orizzontale mediana, da una croce nera e, nelle componenti orizzontali superiori e inferiori, da due linee di colore azzurro (asta alta) e arancione (asta bassa).
La croce, componente principale che delinea la “E”, è una stilizzazione della croce appartenente alla sottoscrizione autografa di Matilde di Canossa, forse la figura storica più interessante del Medioevo nelle terre intorno al Po; la duchessa, nella lotta in corso tra impero e papato del XI secolo, giocò un ruolo prima di pacificatrice, come dimostra il famoso incontro di Canossa (28 gennaio 1077), poi di sostenitrice del papato e della riforma della Chiesa.
I due elementi orizzontali che vanno a terminare la “E” sono riferimenti stilizzati al Po (superiore) e alla via Emilia (inferiore), le due direttrici storico-geografiche che caratterizzano (e hanno caratterizzato in passato) il territorio delle diocesi da cui dipende l’Istituto. La “E” è accompagnata dalla scritta “Emilia”.